飞鸟井时光是一位对幕府抱有反感的青年公家。他得知《柳生武艺帐》实际上是幕府的暗杀指令书后，决定设法获取这本书以揭露柳生家的真面目。另一方面，察觉到这一危机的柳生十兵卫，在寻找《武艺帐》的过程中，遭遇了受时光之令前来索命的一生宿敌——疋田阴流的浮月斋。。。

柳生一族因为武艺高强一直都受到德川家的信赖依重，但也因此受到来自各方的觊觎。由于外传世间有三卷武艺帐隐藏了对柳生家极为不利之证据，引发各山头势力积极追查武艺帐下落……

柳生新阴流的门派秘宝“柳生武艺帐”分为两卷，一卷“水月之卷”保存于江户柳生道场，另一卷“浮舟之卷”则流落于江湖不知去向。江湖传闻只要将两卷合一，便能知晓柳生武艺帐所隐藏的天大秘密！面对各方势力都觊觎这两卷神秘卷轴的严峻复杂形势，柳生十兵卫能力挽狂澜吗？

江户幕府时期，为牵制非亲藩地方外样大名，德川幕府决定从西班牙购入2500支新式火枪，但装货的御用船在海上被一伙来历不明的水军偷袭，这批枪被抢劫一空。幕府大怒，命柳生十兵卫尽早破案查明真相。十兵卫通过武艺帐忍之卷召集全国各地64名柳生门人齐聚江户，等待他们的，将是一场残酷的恶战。。 。

作为芥川奖作家却以独特风格著称的剑豪作家五味康祐的同名杰作小说《柳生武艺帐》被完全电影化的系列第二部。本片以德川三代将军家剑术指导、天下闻名的柳生家所传承的《柳生武艺帐》中的“水月”与“浮舟”两卷秘笈为线索展开。在这部秘笈中，隐藏着引发天下纷争的根源。围绕这部秘笈的争夺，幕府要职暗中活动，柳生新阴流与疋田阴流之间展开了血雨腥风的惨烈死斗。影片描绘了挥舞正义之烈剑的柳生十兵卫波澜壮阔的传奇故事。

本片是《柳生武艺帐》（《风虎云龙传》）的延续。隐术派的千四郎，受浮月斋之命，到荒山找出多三郎与夕姬夺取《剑秘图》。原来《剑秘图》为一个农民所拾，后卖给了一个卖艺者法眼。法眼知其重要，便把它藏起来。有一天，法眼把《剑秘图》送给千四郎，觉得他有统治天下的才能，千四郎很高兴便决定和法眼一起闯天下，再不顾浮月斋了。他更向柳生十兵卫决斗，各出《剑秘图》一卷，胜者可得对方所有者。柳生十兵卫终为千四郎所杀。突然浮月斋的伏兵向千四郎杀来，把千四郎砍伤，还把法眼刺死了，幸好得多三郎和兵库介闻风所救，至免一死。

某日，柳生家的剑法秘籍《柳生武艺帐》被幕府高官指认为是当年诸大名企图颠覆幕府的谋反连判状，柳生家主但马守受到了老中土井大炊守和若年寄稻叶美浓守的问责，而与柳生家有姻亲关系的大老松平伊豆守也受牵连，柳生家因此陷入绝境。但马守请求大将军给予宽限期，并命令十兵卫等人查明真相。然而，十兵卫遭到了宿敌疋田阴流，霞之忍者，以及某神秘刺客团的多方夹击。。。

某日，柳生家的剑法秘籍《柳生武艺帐》被幕府高官指认为是当年诸大名企图颠覆幕府的谋反连判状，柳生家主但马守受到了老中土井大炊守和若年寄稻叶美浓守的问责，而与柳生家有姻亲关系的大老松平伊豆守也受牵连，柳生家因此陷入绝境。但马守请求大将军给予宽限期，并命令十兵卫等人查明真相。然而，十兵卫遭到了宿敌疋田阴流，霞之忍者，以及某神秘刺客团的多方夹击。。。

近卫十四郎主演《柳生武艺帐》系列第六弹。在阿苏路上聚集着企图颠覆幕府的逆贼们。独眼剑豪柳生十兵卫手持水月秘剑前来！为了幕府的安定，追寻被夺走的武艺帐，在九州阿苏火山山脉展开一场生死搏斗！！ 　　幕府《参勤交代》制度颁布以来，各藩对这一明显有针对性的严苛独裁制度大为不满。柳生十兵卫向代表各藩提出异议的九州岛津家当主岛津光久承诺：幕府绝不再对各藩进行取缔。然而，曾经的阿苏豪族有马隼人正一伙为了颠覆幕府，继续暗流涌动。。。

《柳生武艺帐》由“水月”和“浮舟”两卷组成，表面上是柳生新阴流剑法秘籍，但实际上是一旦公开就会引发天下大乱的秘密文书。江户柳生府邸保存着“水月”卷，京都五条中纳言府邸则保存着“浮舟”卷，而柳生新阴流的宿敌疋田阴流山田浮月斋一伙人正觊觎着这两卷武艺帐。。。